Ⅰ 上場株式等の譲渡所得
上場株式等の譲渡所得の税率は、本来は20%（所得税15%,住民税5%）ですが、平成15年から10％（所得税7％、住民税3%）の軽減税率が適用されてきましたが、平成20年末に打ち切られます。
ただし、源泉徴収口座を選択している場合の源泉徴収税率は平成22年末まで、10％ですし、同様に年間500万円以下の譲渡所得を申告する場合も10％のままです。
適用期日
軽減税率は平成20年末に廃止となりますが、市場特例措置は平成21年1月1日から平成22年12月31日までの2年間、その年分の上場株式等に係る譲渡所得等のうち500万円以下の部分が軽減税率となります。
特定口座の源泉徴収口座における上場株式等の譲渡所得も2年間は軽減税率が適用されますが、源泉徴収口座とそれ以外の譲渡所得等の合計額が500万円を超える場合は申告する必要があります。
Ⅱ 上場株式等の配当所得
配当所得の軽減税率
上場株式等の配当所得の税率も、本来は20%（所得税15%,住民税5%）ですが、10％（所得税7％、住民税3%）の軽減税率が続いてきましたが、平成20年末に打ち切られます。
ただし、源泉徴収税率は平成22年末まで10％のままですし、同様に年間100万以下の配当所得は、少額配当の軽減措置として、譲渡所得と同様に平成22年末まで10%のままです。
適用期日
軽減税率は平成20年末に廃止となりますが、少額配当の軽減措置は平成21年1月1日から平成22年12月31日までの2年間、その年分の上場株式等に係る配当所得等のうち100万円以下の部分が軽減税率となります。
このとき、源泉徴収の対象となった上場株式等の配当（年間の支払金額が1万円以下の銘柄を除く）の合計金額が100万円を超える場合は、申告する必要があります。
尚、総合課税を選択した場合には配当控除が受けられます。
申告分離選択課税の創設
平成21年1月1日以降に支払を受ける上場株式等の配当所得は、申告分離課税が選択できるようになり、現在の総合課税（給与所得等との合算）といずれか有利なほうを選択して申告することになります。
適用期日 平成21年1月1日以降に支払いを受ける上場株式等の配当所得について申告分離課税の選択と同時に、総合課税の選択によって配当控除の適用を受けることもできます。
源泉徴収口座への受け入れ
証券会社等が特定口座のシステム開発等を行い、証券会社等の営業所を通して配当の支払いを受ける場合は、源泉徴収口座に配当を受け入れることができるようになります。
このとき源泉徴収口座内における損益通算が認められます。
適用期日 平成22年1月を目途に証券会社等における特定口座のシステム開発等の準備が整った段階から適用されます。
Ⅲ 上場株式等の譲渡損失と配当所得との損益通算の特例
申告分離課税による損益通算
同年分の上場株式等の譲渡損失、または前年以前3年内の各年における上場株式等の譲渡損失の金額を、その年の上場株式等の配当所得の金額から控除することができるようになりました。
ただし、配当所得について総合課税を選択した場合は、譲渡損失との損益通算はできません。
適用期日
平成21年分以降の所得税、及び平成22年度分以降の住民税から適用されます。
源泉徴収口座内における損益通算
源泉徴収口座受け入れに伴い、源泉徴収口座内における損益通算が認められます。具体的には、源泉徴収口座内に上場株式等の譲渡損失がある場合には、配当額から譲渡損失額を引いて、源泉徴収税率をかけて計算します。
適用期日 平成22年1月を目途に証券会社等における特定口座のシステム開発等の準備が整った段階から適用されます。
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